Mitra utama pelaksanaan Proyek NSLSIC/NSELRED adalah Kementerian PPN/Bappenas melalui Direktorat Daerah Tertinggal, Transmigrasi dan Perdesaan. Dalam pelaksanaannya, Proyek NSLIC/NSELRED mengundang keterlibatan kementerian/lembaga yang bersifat strategis bagi pencapaian proyek yaitu:
- Kementerian Koordinator Pemberdayaan Masyarakat dan Kebudayaan (PMK);
- Kementerian Dalam Negeri;
- Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi (PDTT);
- Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah (UMKM); dan
- Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM).
Selain itu, Proyek NSLIC/NSELRED juga melibatkan partisipasi dari kementerian/lembaga lain diantaranya:
- Kementerian Pertanian;
- Kementerian Kelautan dan Perikanan;
- Kementerian Pariwisata;
- Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan;
- Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak;
- Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).
Di luar mitra kementerian/lembaga, Proyek NSLIC/NSELRED juga berkoordinasi dan/atau bekerja sama dengan;
- Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) terkait;
- Asosiasi Usaha, Pengusaha, UMKM dan Koperasi; dan
- Perguruan Tinggi, LSM, dan mitra lainnya.
Mitra-mitra tersebut akan dilibatkan dalam pelaksanaan proyek melalui:
- Tim Pengarah Proyek (PSC)
- Tim Teknis Proyek (PTC)
Mitra Proyek NSLIC/NSELRED di Sulawesi Tenggara dan Gorontalo dipimpin oleh BAPPEDA (Provinsi dan Kabupaten/Kota) melalui:
- Tim Kordinasi Provinsi (PCC)
- Tim Para Pihak Daerah (MSF)